Собственно, чем отличаются MyISAM и InnoDB?
- InnoDB поддерживает транзакции в отличии от MyISAM
- InnoDB более надежна при больших объемах данных
- InnoDB в теории немного быстрее
- MyISAM поддерживает сжатие таблиц в отличии от InnoDB
- MyISAM имеет встроенные полнотекстный поиск в отличии от InnoDB
а какой тогда тип лучше использовать?
Это решать Вам.
К примеру, если вы планируете использовать полнотекстный поиск, то — MyISAM, а если планируется использовать транзакции, то — InnoDB.