Чтобы записать файл с командной строки (консоли) по ssh можно воспользоваться командой scp.
scp {локальный путь к файлу} {логин к серверу}@{хост сервера}:{путь на удаленном сервере}
После выполнения команды, система спросит пароль соответствующий указанному логину.
Пример:
scp index.html my_login@my-server.com:http/
Если нужно скопировать целую папку рекурсивно, то нужно использовать ключ -r.
Пример:
scp -r images/ my_login@my-server.com:http/
При этом директория images/ будет создана на удаленном сервере автоматически.