Хороший файловый менеджер для Ubuntu:
Есть такие аналоги:
GNOME Commander — файловый менеджер с GNOME (http://www.nongnu.org/gcmd/)
Krusader — файловый менеджер с KDE (http://www.krusader.org/)
Установить их можно со стандартных репозиториев.
Если Вам просто нужен двухпанельный навигатор по файлам, можно его получить, нажав в стандартном обозревателе файлов клавишу F3.